2010年學院依托臨床醫學碩士學位點招收碩士研究生，2014年獲口腔醫學碩士專業學位研究生培養資格以及專業學位碩士授予權，2015年開始招收口腔醫學專業學位碩士研究生，2018年通過口腔醫學專業學位授權點專項評估。截止2022年9月，學院已培養碩士畢業研究生67人，目前在讀研究生88人。

 2015年開始學院實行研究生培養與住院醫師規範化培訓并軌，課程設置為公共學位課3門、專業學位課3門、必修課2門以及住院醫師規範化培訓公共科目等；現有口腔醫學研究生規範化培訓基地4家。研究生在校期間考核通過并獲得《口腔執業醫師資格證書》及《住院醫師規範化培訓合格證書》比例100%，畢業研究生就業率100％。

學院研究生近三年來參加國内、外學術交流會議158餘人次，其中出境交流研究生1人次，出國境在線交流43人次，在國際性學術會議上以壁報或大會發言形式進行學術交流12人次。近三年來碩士研究生發表代表性學術論文52篇，專利獲評7項，口腔專業類競賽獲獎7項。多名學生獲得國家獎學金、獲評浙江省優秀畢業生。

學院積極鼓勵和指導研究生申請、攻讀國内、外高等學府的博士研究生，包括入學全球牙科學排名第2的荷蘭阿姆斯特大學/自由大學口腔醫學中心（ACTA）博士研究生3人，包括荷蘭政府獎學金1人，中國國家留學基金委獎學金2人，另有3人分别就讀日本東北大學、上海複旦大學和武漢大學博士研究生。